Con el otorgamiento del título de Franciscana, la Hermandad modificó su escudo por el actual; pero sin embargo, en el remate de las varas estrenadas en 1977 siguió ostentando el antiguo con el águila bicéfala. Las varas se usan principalmente para la representación de la junta de gobierno que se sitúa en las presidencias de los pasos, así como durante el año también en la representación de la Hermandad el día del Corpus, en las salidas procesionales de otras cofradías o por el Grupo Joven.
Las varas se componen por un tubo cincelado y dividido en varios tramos que se remata por el escudo de la Hermandad, siendo todas en color plateado excepto la del Hermano Mayor que es bañada en oro según marcan las Reglas. En 2002 se sustituyeron todos los remates de las varas con el actual escudo, labor que realizó Antonio Cuadrado. El actual está formado por dos cartelas unidas que en su interior cobijan el escudo de los Orden Franciscana, compuesto por una nube y sobre la misma el cruce del brazo de San Francisco y el de Jesucristo y tras el mismo la cruz. En la otra cartela se encuentra el ancla y la rama de olivo, aludiendo a la doble advocación de la Virgen, dentro de una corona de espinas, símbolo de la Pasión del Señor. Está coronado por la Tiara Papal, al obtener la Hermandad el título de Pontificia en 1940.
